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원자론자들이 이 학설을 세운 것이 전적으로 경험에 입각해서 되었다고 생각해서는 안 된다. 원자론은 오늘날에 있어서 화학의 여러 사실들을 설명하기 위하여 다시 생각났다. 그러나 그리스 사람들에게는 이 사실은 알려져 있지 않았다. 고대에는 경험적 관찰과 논리적 논의를 확연히 구별 짓지 못하였다. 파르메니데스는 '사실'들을 경멸히 여긴 것만은 사실이다. 그러나 엠페도클레스와 아낙사고라스는 그들의 형이상학을 물시계나 돌아가는 물 양동이에 대한 관찰 등과 결합시켰다. 소피스트 때까지는 어느 철학자도 완전한 형이상학과 우주론은 많은 추리와 어느 정도의 관찰을 종합하면 된다는 것을 의심한 것 같지 않다. 다행히 원자론자들은 2000년 후에 어떤 확증이 발견되게 된 한 가설을 세우게 되었던 것이다. 그러나 그럼에도 불구하고 그들의 후대에는 아직도 그들의 가설에 대한 어떤 확실한 근거를 가지고 있던 것은 아니다.
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